1990-ээд онд өрнөсөн өөрчлөлт шинэчлэлт нь нийгмийг шинэ харилцаанд тохирсон залуучуудын хөдөлгөөний хэлбэр агуулгыг шаардах болсонтой уялдаж, 1991 оны нэгдүгээр сарын 18-нд МХЗЭ-ийн XX их хурлаар Монголын залуучуудын нийтлэг хүсэл зорилго эрх ашгийг илэрхийлэх залуучуудын шинэ байгууллага байгуулахаар шийдвэрлэсэн байна. Чуулганд 417 төлөөлөгчид оролцож, төлөөлөгчдийн олонхийн саналаар Монголын Залуучуудын шинэ байгууллага буюу МЗХ байгуулагдаж байсан түүхтэй юм.

МЗХ байгуулагдсан цагаас С.Баярцогт /1991-1997/, Ч.Сайханбилэг /1997-2003/, Ц.Зоригтбаатар /2003-2012/ нар удирдаж байсан бол 2012 оноос эхлэн өнөөг хүртэл Аюушийн Мөнхбат удирдан, ерөнхийлөгчөөр нь ажиллаж байна.

МЗХ нь Азийн залуучуудын ууган байгууллага төдийгүй өнөөгийн ерөнхийлөгч А.Мөнхбат нь Дэлхийн залуучуудын ассемблейн Ази хариуцсан дэд ерөнхийлөгчөөр ажиллаж байгаа юм.

Энэ өдөр Монголын Залуучуудын Холбоо байгуулагдсаны 25 жилийн ой тохиож байна. 25 жилийн хугацаанд Монголын залуучуудынхаа өмнө нээлттэй болоод зогсохгүй тэднийг идэвхижүүлэн, эх орныхоо ирээдүйн төлөө залуучуудын оролцоог нэмэгдүүлэх үүргээ биелүүлж, Үндэсний хэмжээний төдийгүй олон улсад танигдсан томоохон хэмжээний байгууллага болж чаджээ.

МЗХ нь 21 аймаг, нийслэлийн 9 дүүрэг, 330 суманд салбар нэгжтэй бөгөөд тусгай салбарын 7 холбоо, чиглэлийн асуудал эрхэлсэн залуучуудын 16 байнгын хороо, 610 гаруй аж ахуй нэгжид залуучуудын зөвлөл, сонирхлын 20 гаруй клубтэйгээр үйл ажиллагаагаа явуулж байна.